菌渣發酵需要水分含量在50-60%，水分太多會進行無氧發酵產生有毒物質，制作有機肥和栽培基質的時候，會對植株產生毒害，不利于菌渣的有效利用。所以菌渣在夏季汛期堆存和發酵，縮短發酵時間、避開雨水對發酵的影響是發酵成功的關鍵。

1、場地選擇：選擇地勢較高，或者將低洼地墊高，防止雨水積水的地方進行堆存和發酵。夏季堆存時設頂棚或進行覆蓋。

2、菌渣預處理：根據不同的栽培模式分類處理菌渣，覆土栽培的要去除表層的覆土材料，袋（瓶）栽的采用機械或人工脫袋（瓶），然后將菌渣粉碎至粒徑2cm以下，混有的硬結塊、金屬物、塑料膜及布線條等雜物要清除干凈。

3、添加發酵菌劑：將粉碎的菌渣攤鋪在場地上，將菌劑先與8-10kg物料混勻，然后均勻灑在菌渣表面，加適量水后，使菌渣和菌劑充分混勻，調節含水量至50-60%左右。

4、建堆：建堆時，建成高1-1.5米，寬不小于1.5米，長度不小于10米的長條垛形發酵堆，長度根據原料的多少可以任意調節，上面用草苫子覆蓋，保濕保溫。

5、發酵和翻堆：一般使用翻拋機或者裝載機輔助翻堆。建堆后待溫度升至60℃，第一次翻堆以后，每1-3天翻一次堆，隨著料堆升溫速度減慢，翻堆間隔時間適當延長。總共翻堆5～6次。

6、發酵結束：當距離發酵堆表面30cm處溫度接近環境溫度、菌渣物料呈深褐色或黑褐色、有輕微菌香味時發酵完成，發酵總時間為15d～35d。發酵結束后攤堆，充分晾排余熱及廢氣，風干后存放。